一、技术简介
KASP（竞争性等位基因特异性 PCR）是目前作物分子标记辅助育种主流 SNP 分型技术，基于双色荧光等位基因特异性扩增原理，实现 SNP、InDel 位点高通量精准基因分型。具备低成本、高通量、高准确率、适配 96/384/1536 孔板自动化检测特点，广泛应用作物抗病、抗逆、高产、优质等性状定向育种、苗期早代筛选、品种纯度鉴定、种质资源背景分析，大幅缩短传统育种周期，减少田间种植规模，降低育种试验成本。
二、技术原理
- 针对目标 SNP 位点设计两条差异化荧光标记特异性上游引物（FAM、HEX）+ 一条通用下游引物。
- 引物与模板 DNA 特异性结合匹配，仅互补等位基因完成 PCR 扩增并释放对应荧光信号。
- 仪器终点读取荧光信号聚类分型，清晰区分 AA 纯合、AB 杂合、BB 纯合三种基因型。
无需探针、无需电泳，终点荧光判读，分型准确率可达 99.8% 以上。
三、技术核心优势
- 检测成本低廉：相比 TaqMan 探针法，单位点单样本检测成本降低 40%~60%，大规模育种性价比极高。
- 通量灵活高效：支持 96、384 孔高通量批量检测，单日可完成数万样本位点分型。
- 分型精准稳定：位点转化成功率高，聚类清晰，适合小麦、水稻、玉米、蔬菜、林木等多倍体、复杂基因组作物。
- 设备通用性强：适配市面绝大多数实时荧光定量 PCR 仪，实验流程简单易标准化。
苗期无损检测：种子、幼嫩叶片即可提取 DNA，早代淘汰不良单株，无需等待田间成熟表型。
四、完整标准化育种服务流程
- 育种需求对接明确作物种类、目标性状（抗病、抗倒伏、耐盐碱、品质改良、不育恢复等）、关联分子标记、育种群体规模、试验周期要求。
- 功能 SNP 位点筛选与引物开发筛选与目标性状紧密连锁功能标记，避开重组热点区域，完成 KASP 引物设计、合成、特异性验证、扩增条件优化，筛选分型清晰可用位点。
- 种质样本采集与 DNA 提取亲本材料、分离世代群体、回交后代、种质资源样本叶片 / 种子取样，高通量提取基因组 DNA，完成浓度、纯度质控，满足上机检测标准。
- KASP 荧光 PCR 扩增检测配置标准化反应体系，运行 touchdown 特异性 PCR 程序，仪器采集 FAM/HEX 荧光信号，生成分型原始数据。
- 基因型聚类分析与报告出具专业软件聚类分型，剔除异常孔、模糊位点，人工校正分型结果，出具基因型统计表、聚类散点图、优良单株筛选清单。
- 田间表型联动验证与育种应用结合田间农艺性状表型数据，校正分子标记准确性，指导单株留种、回交转育、背景纯化、聚合育种、后代株系筛选。
五、主要育种应用场景
- 苗期分子标记辅助选择 MAS早世代精准筛选携带优异功能基因单株，提早淘汰不利基因型，缩减田间试验群体。
- 多基因聚合育种同时检测多个抗病、优质、高产位点，快速聚合多个优良性状，培育复合型优异品种。
- 回交育种全基因组背景选择快速追踪轮回亲本遗传背景，缩短回交世代，快速恢复优良遗传背景。作物品种真实性鉴定、种子纯度与杂株检测知识产权保护、大田制种质量管控、杂交种纯度快速筛查。种质资源基因分型与资源评价大批量种质资源基因多样性分析、优异等位变异挖掘、核心亲本选配。杂种优势群划分、遗传图谱构建、QTL 定位验证
六、检测通量、周期与参考报价
- 单位点单样本检测成本：大规模高通量项目单价极低，远低于芯片、一代测序分型。
- 检测通量：96 孔 / 384 孔板自动化批量检测，支持千级、万级样本批量上机。
项目周期：位点开发 3~7 个工作日，样本检测 + 数据分析 7~10 个工作日，整体常规项目 10~15 天交付完整报告。
七、KASP 与其他分子育种技术对比
- KASP：中高通量、低成本、分型极准、适合大样本单位点 / 少量多位点长期育种筛选。
- SNP 基因芯片：超高通量全基因组分析、价格较高、适合背景选育、群体进化分析。
- TaqMan 探针法：分型精准、成本偏高、适合少量位点高精度验证。
测序分型：未知位点挖掘、新标记开发成本高、不适合大规模育种筛查。
八、项目质量管控要点
- 严格 DNA 样本质控，保证浓度均一、无降解、无杂质干扰。
- 优先选用功能因果 SNP，减少遗传重组导致标记与性状脱节。
- 每块板设置亲本对照、空白对照、重复样本，保障分型可靠性。
- 基因型结果结合田间表型双向验证，持续优化标记实用性。
- 标准化实验体系与温控程序，保证批次间结果稳定可重复。